Настройка сторонних приложений¶

SAGA¶

Алгоритмы SAGA могут использоваться из QGIS, если SAGA установлена в системе, а платформа геообработки правильно настроена и может найти исполнимые файлы SAGA. Для запуска алгоритмов SAGA необходимы консольные приложения SAGA.

В случае использования Windows и автономного установщика либо установщика OSGeo4W, SAGA будет установлена одновременно с QGIS и настроена автоматически, дополнительная настройка путей не требуется.

Если вы установили SAGA самостоятельно (помните, необходимо использовать версию 2.1), следует настроить пути к исполнимым файлам. Для этого откройте диалог настройки. В разделе SAGA найдите параметр SAGA folder. Введите путь к каталогу установки SAGA. Закройте диалог настройки, теперь вы можете запускать алгоритмы SAGA из QGIS.

Если вы используете Linux, необходимо помнить, что исполнимые файлы SAGA не поставляются с QGIS, поэтому необходимо загрузить и установить программу самостоятельно. Подробную информацию об установке можно найти на сайте SAGA. Необходимо использовать SAGA версии 2.1.

В этом случае потребности в дополнительной настройке нет, как нет и соответствующих элементов в диалоге настройки. Вместо этого необходимо убедиться, что SAGA установлена корректно и доступна в PATH. Просто откройте эмулятор терминала и введите saga_cmd чтобы поверить, что система может найти файлы SAGA.

R. Creating R scripts¶

Интеграция R в QGIS отличается от SAGA и большинства остальных провайдеров, так как не существует предустановленного набора алгоритмов, которые можно запускать (кроме нескольких примеров). Вместо этого вы должны писать свои скрипты и вызывать команды R, почти так же как и при использовании«чистого» R и почти так же, как мы вызывали скрипты геообработки в соответствующем разделе. Этот параграф покажет как вызывать команды R из QGIS и как использовать в них объекты QGIS (слои, таблицы).

Прежде всего, как мы уже видели на примере SAGA, необходимо указать QGIS где находятся исполнимые файлы R. Для этого предназначено поле R folder в диалоге настройки платформы геообработки. После настройки этого параметра можно начинать создавать свои собственные скрипты R, а затем выполнять их.

И снова, в Linux всё значительно проще: достаточно убедиться, что R доступен в PATH. Если ыв можете запустить R просто введя в консоли R, значит всё в порядке.

Чтобы добавить новый алгоритм, вызывающий функицю R (или более сложный скрипт R, который вы написали и хотите сделать доступным из QGIS), необходимо создать файл скрипта, объясняющий платформе геообработки как выполнить операцию и содержащий соответствующие команды R.

Файлы скриптов должны иметь расширение .rsx, а создавать их при наличии базовых знаний R и синтаксиса R очень просто. Скрипты сохраняются в каталог R-скриптов, путь к этому каталогу можно задать в группе R (в диалоге настройки платформы), точно так же как это делалось в случае каталога для обычных скриптов геообработки.

Рассмотрим очень простой скрипт, который вызывает метод R spsample для создания случайной сетки внутри границ полигонов заданного полигонального слоя. Этот метод находится в пакете maptools. Так как большинство алгоритмов, которые вы скорее всего захотите реализовать в QGIS, будет использовать или создавать пространственные даные, знание таких пакетов как maptools и особенно sp является обязательным.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

Первые строки, начинающиеся с двойного символа комментария Python (##), дают QGIS информацию об исходных данных алгоритма и создаваемых им результатах. Они имеют такой же синтаксис, как и в обычных скриптах геообработки, которые мы рассматривали выше, поэтому повторять описание не будем. Обратитесь к разделу processing_scripts за более подробной информацией.

Когда вы описываете исходный параметр, QGIS использует эту информацию для двух вещей: создания пользовательского интерфейса и для создания соответствующей переменной R, которая позже может использоваться в командах R.

В примере выше мы задали исходный аргумент типа vector с именем polyg. При выполнении алгоритма QGIS откроет в R слой, выбранный пользователем и запишет его в переменную с именем polyg. Т.е. имя параметра также вляется именем переменной, которую можно использовать в R для доступа к значению этого параметра (поэтому следует избегать использования зарезервированных слов R в качестве названий параметров).

Пространственные элементы, такие как векторные и растровые слои, открываются при помощи команд readOGR() и brick() (вам не нужно беспокоиться о добавлении этих команд в файл описания, QGIS сделает это автоматически), а и сохраняются как объекты Spatial*DataFrame. Поля таблиц сохраняются как строки, содержащие имя выбранного поля.

Таблицы открываются при помощи команды read.csv(). Если таблица создаётся пользователем и имеет формат, отличный от CSV, она будет соответствующим образом преобразована перед испортированием в R.

Также растровые файлы можно открывать при помощи команды readGDAL(), а не brick(). Для этого используется директива ##usereadgdal.

Если вы опытный пользователь и не хотите чтобы QGIS создавала объект, представляющий слой, используйте директиву ##passfilename. Эта директива указывает, что необходимо вернуть строку с именем файла. В этом случае, перед выполнением любых операций с файлом, вам необходимо позаботиться о его открытии.

Теперь, используя вышеприведённые сведения, мы легко можем разобрать первую строку скрипта (первую строку без символа комментария в начале).

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

Переменная polygon уже содержит объект SpatialPolygonsDataFrame и может использоваться для вызова метода spsample, как и переменная numpoints, которая содержит число точек для создания сетки.

Так как мы описали результат типа vector с именем out, необходимо создать переменную out и записать в неё объект Spatial*DataFrame (в нашем случае SpatialPointsDataFrame). Для промежуточных переменных можно использовать любые имена. Но необходимо убедиться, что переменные, содержащие конечный результат, имеют те же имена, что использовались при их описании, а также содержат значения правильного типа.

В нашем случае результат полученный от метода spsample необходимо явно преобразовать в объект SpatialPointsDataFrame, так как изначально это экземпляр класса ppp, который не подходит для возвращения в QGIS.

Если алгоритм создаёт растровые слои, способ их сохранения будет зависеть от того была ли указана директива #dontuserasterpackage. Если директива указана, слои сохраняются при помощи метода writeGDAL(). В противном случае будет использоваться метод writeRaster() из пакета raster.

Если указана директива #passfilename, выходные растры будут созданы при помощи пакета raster (методом writeRaster()), даже если он не использовался для загрузки исходных данных.

Если алгоритм не создаёт слоёв, а выдаёт результаты на консоль, необходимо указать, что консольный вывод должен быть показан по окончанию работы алгоритма. Для этого перед командой, печатающей результат, необходимо поставить знак «больше» (>). Консольный вывод всех остальных команд отображаться не будет. Например, вот скрипт, выполняющий тест нормальности заданного поля (столбца) таблицы атрибутов векторного слоя:

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

Результат работы последней строки будет выведен на консоль, а результат работы первой — нет (равно как и вывод остальных команд, добавленных QGIS автоматически).

Если алгоритм создаёт какие-либо графические объекты (используя метод plot()), добавьте следующую строку:

##showplots

Это заставит QGIS сохранить все графические объекы во временный файл, который позже, после окончания обработки, будет открыт.

И консольные и графические результаты будут доступны в окне Просмотр результатов.

Больше информации можно получить, ознакомившись со скриптами, входящими в состав SEXTANTE. Большинство их них достаточно простые и будут полезны для понимания того, как создавать свои собственные.

GRASS¶

Настройка GRASS мало чем отличается от настройки SAGA. Прежде всего необходимо указать путь к каталогу установки GRASS, но только в том случае, если вы использует Windows. Дополнительно требуется указать используемый интерпретатор командной строки (обычно это msys.exe, который имеется в большинстве дистрибутивов GRASS для Windows) и его расположение.

По умолчанию, платформа геообработки пытается настроить свой провайдер GRASS на использование версии GRASS, распространяемой вместе с QGIS. В большинстве случаев это должно работать без дополнительных действий со стороны пользователя, но если у вас возникают проблемы — попробуйте настроить провайдер вручную. Также, если вы хотите использовать другую версию GRASS, следует ихменить эти настройки, указав путь к каталогу с другой версией. Для работы алгоритмов требуется GRASS 6.4.

Если вы используете Linux, просто убедитесь, что GRASS корректно установлена и запускается из командной строки без ошибок.

Алгоритмы GRASS выполняют операции над районом. Район может быть задан вручную, используя значения, схожие с параметрами настройки SAGA, или автоматически, по минимальному охвату, покрывающему все исходные слои. Если вы предпочитаете такой подход — активируйте параметр Use min covering region в настройках провайдера GRASS.

Последний параметр, нуждающийся в настройке, связан с набором данных GRASS. Набор данных необходим для запуска GRASS, и платформа геообработки автоматически создаёт временный набор при каждом запуске. Необходимо указать какие координаты используются исходными данными — географические (широта/долгота) или спроецированные.

GDAL¶

Для запуска алгоритмов GDAL дополнительная настройка не требуется, так как эта библиотека распространяется вместе с QGIS и алгоритмы могут получить всю необходимую для работы информацию самостоятельно.

Orfeo ToolBox¶

Алгоритмы OrfeoToolBox (OTB) можно вызывать из QGIS, если OTB установлен, а QGIS правильно настроена и может найти все необходимые файлы (инструменты командной строки и библиотеки).

Как и в случае SAGA, исполнимые файлы и библиотеки OTB включены в состав автономного установщика для Windows, но не входят в состав пакето для Linux. Поэтому вам необходимо загрузить и установить недостающие программы самостоятельно. Подробные инструкции можно найти на сайте OTB.

После установки OTB запустите QGIS, откройте диалог настройки и сконфигурируйте провайдер OTB. Настройки находятся в группе Orfeo Toolbox (image analysis). Прежде всего убедитесь, что провайдер активирован.

Затем укажите путь к каталогам инструментов командной строки OTB и библиотекам:

• обычно OTB applications folder указывает на /usr/lib/otb/applications, а OTB command line tools folder это /usr/bin

• если вы используете установщик OSGeo4W, установите пакет otb-bin и укажите C:\\OSGeo4W\\apps\\orfeotoolbox\\applications в качестве OTB applications folder, а C:\\OSGeo4W\\bin в качестве OTB command line tools folder. Эти значения используются по умолчанию, так что если OTB установлен в другое место, замените их на свои пути.

TauDEM¶

Для использования этого провайдера необходимо установить инструменты командной строкиTauDEM.