Configuration des applications tierces¶

Introduction¶

SEXTANTE peut être étendue par des applications tierces, qui sont exécutées directement depuis SEXTANTE. Pour l’instant, les logiciels SAGA, GRASS, OTB (Orfeo Toolbox) et R sont supportés, ainsi que des applications en ligne de commande qui proposent des fonctionnalités d’analyses spatiales. Les algorithmes reposant sur des applications tierces sont gérées par leur propres fournisseurs d’algorithme.

Ce chapitre vous montrera comment configurer SEXTANTE pour inclure ces applications additionnelles et vous expliquera quelques fonctionnalités particulières basées sur ces applications. Une fois le système configuré, vous pourrez exécuter les algorithmes externes depuis tout composant SEXTANTE tel que la boîte à outils ou le modeleur graphique, comme vous pourriez le faire depuis un géoalgorithme SEXTANTE préexistant.

Par défaut, tous les algorithmes qui reposent sur une application tierce non fournie avec QGIS sont désactivés. Vous pouvez les activer dans le fenêtre de configuration de SEXTANTE. Veuillez vérifier que l’application correspondante est préalablement installée sur votre ordinateur. Activer un fournisseur d’algorithmes non installé résultera en une erreur à l’exécution, bien que les algorithmes soient présent dans la boîte à outils.

La raison est que les descriptions des algorithmes (nécessaires pour créer la fenêtre de paramètres et donner à SEXTANTE les informations sur l’algorithme) ne sont pas fournis avec les applications mais sont inclus dans SEXTANTE. SEXTANTE les inclut d’office, mêm si vous ne les avez pas installé. Exécuter un algorithme nécessite évidemment que l’application tierce soit installée au préalable.

SAGA¶

Les algorithmes SAGA peuvent être exécutés depuis SEXTANTE si SAGA est installé sur votre système et que SEXTANTE est correctement configuré pour y faire appel. En particulier, l’exécutable en ligne de commande de SAGA doit être accessible. Les fichiers de SAGA ne sont pas fournis avec SEXTANTE. Il vous faudra donc le télécharger et l’installer indépendamment de SEXTANTE et QGIS. Veuillez vous reporter au site web de SAGA pour plus d’information. Seule une version supérieure ou égal à SAGA 2.0.8 est supportée.

Une fois SAGA installé, sous Windows, ouvrez la fenêtre de configuration de SEXTANTE. Dans la rubrique SAGA, renseignez l’entrée répertoire SAGA. Entrez le chemin d’installation de SAGA. Refermez la fenêtre et les les algorithmes SAGA sont à présent disponibles dans SEXTANTE.

Si votre système est de type Linux, il n’est pas nécessaire de configurer tout ceci. Vérifiez que SAGA est correctement installé et que le chemin d’installation figure dans la variable d’environnement PATH. Pour vérifier que les fichiers binaires de SAGA sont accessibles, ouvrez une console et tapez saga_cmd.

R et les scripts R¶

L’intégration de R dans SEXTANTE est légèrement différente de celle de SAGA, dans la mesure où il n’y a pas d’ensemble prédéfini d’algorithmes à exécuter, hormis quelques exemples. Au lieu de cela, c’est à vous d’écrire les scripts à transmettre à R, comme vous le feriez depuis R. Un peu comme dans le cahpitre sur les scripts SEXTANTE. Ce chapitre va vous montrer comment appeler les commandes R à partir de SEXTANTE et comme leur transmettre les objets SEXTANTE (couches et tables).

La première chose à faire, comme nous l’avons vu pour SAGA, est de dire à SEXTANTE où se situent les fichiers exécutables de R. Paramétrez l’entrée :guilabel::Répertoire R dans la fenêtre de configuration de SEXTANTE. Une fois cela fait, vous pouvez commencer à créer vos scripts R et à les exécuter.

Une fois encore, pour Linux, cela est légèrement différent : vous n’avez qu’à vérifier que le répertoire R est inclus dans la variable d’environnement PATH. Si vous pouvez lancer R en tapant R dans un terminal, alors vous êtes prêt pour la suite.

Pour ajouter un nouvel algorithme qui appelle une fonction R (ou un script R plus complexe que vous auriez développé et que vous souhaiteriez utiliser dans SEXTANTE), vous devez créer un fichier de script qui va indiquer à SEXTANTE comme effectuer l’opération et les commandes R correspondantes.

Les fichiers de scripts ont une extension de fichier .rsx et leur création est relativement simple si vous connaissez la syntaxe et le langage de script de R. Ils seront sauvegardés dans le répertoire de scripts de R. Vous pouvez configurer ce repertoire dans le groupe de configuration de R, dans la fenêtre de configuration de SEXTANTE, comme vous le feriez pour un script ordinaire de SEXTANTE.

Voyons un simple script, qui appelle la méthode spsample de R, pour créer une grille aléatoire à l’intérieur de l’emprise d’un ensemble de polygones d’une couche donnée. Cette fonction appartient au paquet maptools. Comme la plupart des algorithmes que vous aurez à intégrer dans SEXTANTE utilisent ou génèrent ds données spatiales, la connaissance des paquets spatiaux comme maptools et sp est obligatoire.

##polyg=vector
##numpoints=number 10
##output=output vector
##sp=group
pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")
output=SpatialPointsDataFrame(pts, as.data.frame(pts))

Les premières lignes, qui commencent par un double signe de commentaire Python (##] indiquera à SEXTANTE les données d’entrée et les sorties générées par l’algorithme. Ces lignes ont le même rôle que pour les scripts SEXTANTE que nous avons vu précédemment. Nous n’allons donc pas les décrire, veuillez vous reporter à la section correspondante.

Quand vous déclarez un paramètre d’entrée, SEXTANTE utilise cette information pour deux choses : créer le formulaire pour demander à l’utilisateur la valeur de ce paramètre et créer la variable R correspondante qui sera ensuite utilisée dans les commandes R.

Dans l’exemple ci-dessus, nous avons déclaré une entrée de type vecteur appelée polyg. A l’exécution de l’algorithme, SEXTANTE ouvrira la couche sélectionnée par l’utilisateur dans R et la stockera dans une variable nommée polyg. Ainsi le nom du paramètre est également le nom de la variable à utiliser dans R pour accéder à son contenu (par conséquent, veuillez ne pas utiliser de mots réservés R comme noms de paramètre).

Les éléments spatiaux, comme les couches vectorielles et raster sont lus en appelant respectivement les méthodes readOGR() et readGDAL (vous n’avez pas besoin des les ajouter à votre description de fichier, SEXTANTE s’en occupe pour vous) et seront sauvegardés sous forme de Dataframe spatiaux. Les champs des tables sont sauvegardés comme des chaînes de caractères contenant le nom des champs sélectionnés.

Les tables sont chargées par la commande read.csv(). Si la table à charger n’est pas au format CSV, il faudra la convertir avant de l’importer dans R.

Sachant cela, il est facile de comprendre la première ligne (hors commentaire) de notre exemple de script.

pts=spsample(polyg,numpoints,type="random")

La variable polygon contient déjà un objet SpatialPolygonsDataFrame, l’appel de la méthode spsample est donc simple. Il en est de même pour la méthode numpoints qui renvoit le nombre de points à ajouter pour créer la grille.

Comme nous avons déclaré une sortie de type vecteur nommée out, nous devons créer cette variable out et lui affecter un objet Spatial*DataFrame (dans notre cas, un SpatialPointsDataFrame). Vous pouvez utiliser n’importe quel nom pour les variables intermédiaires. Assurez-vous simplement que la variable qui stocke la valeur finale correspond à la variable de sortie définie au début.

Dans notre exemple, le résultat de la méthode spsample doit être converti explicitement en objet SpatialPointsDataFrame, dans la mesure où c’est un objet de la classe ppp qui ne peut être retransmis à SEXTANTE.

Si votre algorithme ne renvoie pas de couche, mais un résultat texte dans la console, vous devez indiquer à SEXTANTE d’afficher la console à la fin de son exécution. Pour cela commencez les lignes qui doivent renvoyer les résultats par le signe >. Les sorties des autres lignes seront masquées. Par exemple, voici la description d’un algorithme quie réalise un test de normalisation sur un champ donné (ou une colonne) de la table d’attributs d’une couche vectorielle:

##layer=vector
##field=field layer
##nortest=group
library(nortest)
>lillie.test(layer[[field]])

La sortie de la dernière ligne est affichée, mais la sortie de la première ne l’est pas (ni celles des commandes ajoutées automatiquement par SEXTANTE).

Si votre algorithme crée des graphiques (par la méthode plot()), ajoutez la ligne suivante:

##showplots

Ceci va indiquer à SEXTANTE de rediriger toutes les sorties graphiques de R vers un fichier temporaire qui sera chargé une fois l’exécution de R terminée.

Les graphiques et les résultats dans la console seront affichés dans le gestionnaire de résultats de SEXTANTE.

Pour plus d’information, veuillez vous référer aux scripts fournis avec SEXTANTE. Tous sont relativement simples et pourront vous aider à construire vos propres scripts.

GRASS¶

Configurer GRASS est similaire à celle de SAGA. Tout d’abord,pour Windows, indiquez le répertoire d’installation de GRASS, ainsi que l’emplacement de l’interpréteur de shell (habituellement le fichier msys.exe fourni avec GRASS).

Par défaut, SEXTANTE tente d’accéder à la version de GRASS fournies avec QGIS. Cela ne devrait pas poser de problème dans la plupart des cas, mais si vous rencontrez des soucis, essayez de le configurer manuellement. De plus, si vous utilisez une version différente de GRASS, il vous faudra peut-être changer la configuration et indiquer le répertoire de cette version. Pour un bon fonctionnement des algorithme, une version de GRASS supérieur ou égale à la 6.4 est nécessaire.

Sous Linux, assurez-vous simplement que GRASS est correctement installé et qu’il peut être lancé depuis un terminal.

Les algorithmes GRASS nécessitent la définition d’une région. Cette région peut être définie manuellement, en fournissant les valeurs, comme pour la configuration de SAGA, ou de manière automatique, correspondant à l’emprise minimale des données d’entrée à l’exécution de l’algorithme. Si vous préférez ce dernier réglage, cochez l’option Utiliser l’emprise minimale dans les paramètres de configuration de GRASS.

GRASS inclut des fichiers d’aide pour chaque algorithme. Si vous remplissez le paramètre Répertoire d’aide GRASS, SEXTANTE les affichera quand vous appuyerez sur le bouton [Afficher l’aide] depuis la fenêtre des paramètres de l’algorithme.

Le dernier paramètre à configurer est le jeu de cartes. Un jeu de carte est nécessaire pour exécuter GRASS et SEXTANTE crée un jeu temporaire à chaque exécution. Vous devez indiquer à SEXTANTE si le système de coordonnées est géographique (lat/lon) ou planes.

GDAL¶

Les algorithmes GDAL ne nécessitent pas de configuration particulière, dans la mesure où ils sont déjà intégrés dans QGIS. SEXTANTE y récupère donc leurs configurations.

La boîte à outils Orfeo (OTB)¶

Les algorithmes de la boîte à outils Orfeo (OTB) peuvent être exécutés depuis SEXTANTE si OTB est installé sur votre ordinateur et que SEXTANTE est configuré correctement pour trouver les fichiers nécessaires (outils en ligne de commande et librairies). OTB n’est pas fourni avec SEXTANTE, vous devrez donc le télécharger et l’installer au préalable. Veuillez vous reporter au site web OTB pour plus d’information.

Une fois OTB installé, démarrez QGIS, ouvrez la fenêtre de configuration de SEXTANTE et configurer le fournisseur OTB. Dnas le groupe Boîte à outils Orfeo (analyses d’image), vous retrouverez tous les réglages relatifs à OTB. Vérifiez que les algorithmes sont activés.

Ensuite configurez l’emplacement des exécutables et des librairies OTB:

• habituellement, le répertoire Applications OTB pointe vers /usr/lib/otb/applications et celui des Outils en ligne OTB est /usr/bin

• si vous avez utilisé l’installateur OSGeo4W pour installer le paquet otb-bin, entrez respectivement C:\OSGeo4W\apps\orfeotoolbox\applications et C:\OSGeo4W\bin pour les répertoires OTB applications et OTB command line tools

TauDEM¶

Pour utiliser ce fournisseur, vous devez installer les outils TauDEM en lignes de commandes.

#include "mpi.h"

#include <stdint.h>

#include "mpi.h"
#include <stdlib.h>

#include <stdint.h>

mkdir build
cd build

CXX=mpicxx cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..

make

sudo make install